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1.根据其形态特征判断其活力:原生质体为绿色(如果来自叶片)且圆而鼓的为活原生质体。
2.荧光染料体内染色法:荧光素染料能自由穿透细胞膜，在细胞内被酯酶水解成荧光素，而后者不能自由穿透细胞膜，停留在细胞内。通过荧光显微镜下的荧光强度可以判断原生质体。
3.酚藏红花染色法:活的原生质体能吸收红色，不活的不能吸收，无色。
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